Se descubre en el SARS-CoV-2 un misterioso ‘gen’

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El pasado mes de Noviembre ,Peter Dockrill escribió para ScienceAlert. Este sobre un descubrimiento interesante relacionado con un gen del coronavirus que ha provocado la pandemia.

El descubrimiento del gen

Investigadores descubren en el código genético del coronavirus SARS-CoV-2 un gen misterioso. Un segmento prácticamente oculto a la vista en el genoma del virus. En gran parte, uno pasado por alto hasta ahora.

virus

El gen recientemente identificado, ha sido llamado  ORF3d. Este es un ejemplo de lo que se llama un gen superpuesto. Es como si fuera un ‘gen dentro de un gen’. Uno que se esconde por detrás de una cadena de nucleótidos. Por la forma, este se superpone a las secuencias codificadas de otros genes.

El bioinformático Chase Nelson trabaja en el Museo Americano de Historia Natural. El nos informa que el tamaño del genoma de virus como el SARS-CoV-2 y sus parientes se encuentran entre los virus de ARN más largos que existen. Y, este en cuestión parece aparentemente más propenso a ‘trucos genómicos’ que otros virus de ARN”.

ORF3d, el gen superpuesto

Los virus tienden a albergar genes superpuestos, por lo que este dato no es propiamente un descubrimiento impactante. Sin embargo, y aunque sea difícil de ver, es importante saber si  ORF3d  realmente representa un engaño genómico.

Los genes superpuestos son difíciles de identificar en las secuencias genéticas. Los sistemas usados para escanear genomas los pasan a menudo por alto cuando se ejecutan a través de cadenas de código genético. Estos sistemas se programan para detectar genes individuales. Pero, no tienen necesariamente en cuenta instrucciones compartidas entre los nucleótidos de genes adyacentes en una secuencia.

ORF3d

Relación con el virus

En el contexto del SARS-CoV-2, esto podría constituir un punto ciego considerable. El esfuerzo de los científicos para comprender lo mas posible  sobre este virus es devastador desde los principios de la pandemia. Y, aunque se han dilucidado algunos aspectos de su estructura genética (incluido el  firme consenso de que no se ‘hizo en un laboratorio’ ), mucho permanece que encubierto.

No obtener la información relacionada con los genes superpuestos nos pone en peligro de pasar por alto aspectos importantes de la biología viral de este coronavirus.

Puede que este tipo de formaciones donde se superponen genes sea una de las maneras en que han evolucionado los coronavirus para replicarse. Y, de manera eficiente, frustrar la inmunidad del huésped y/o transmitirse.

SARS-CoV-2

El  ORF3d es un objeto de estudio del cual todavía hay mucho que aprender. Pasando esta información por las bases de datos genómicas, se ha descubierto que el gen ya se había identificado antes. Más exactamente en una variante del coronavirus que afecta a los pangolines (y, que se encuentra en Guangxi, China).

Otro gen, el ORF3b, se ha clasificado como un gen no relacionado. Aunque está presente en otros coronavirus, incluido el SARS-CoV-2. Con su estudio se ha comprobado que se distingue hasta en el modo cómo codifican proteínas. Por lo que se concluye que no está relacionado el gen ORF3d.

El misterio que desvela este ORF3d  es que provoca una fuerte respuesta de anticuerpos. Esto se ha observado en los análisis de sangre previos con pacientes humanos con COVID-19. Pero todavía no se sabe si este gen superpuesto podría activar células T o algo más. Si es algo bueno o si es algo malo. Esto es, que los investigadores desconocen su función o importancia clínica.

gen

Sin embargo, los científicos dicen, que comparando con la respuesta de anticuerpos, que es muy poco probable que este gen se detecte por una respuesta de células T.  Pero quizás tenga algo que ver con cómo pudo surgir el gen”.

Una cosa es segura. Este virus solo tiene unos 15 genes conocidos. Y, el descubrimiento de otro, aunque sea de un gen superpuesto, es un avance significativo. Cuán significativo es la labor de los científicos de descubrirlo.

Los hallazgos sobre este tema se informan en el siguiente enlace:  eLife .

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